噶尔丹的亲信吴子占扎卜之母被俘返归后，对噶尔丹说：“清廷兵多，富而且盛，中华皇帝乃活佛也，敌人母子遣使完聚，尔等从前亦曾闻有是否?其余非常之举，言之不尽。”因此，噶尔丹属下大小台吉、寨桑、哈什哈等“相继来降者不绝”。
为了根绝噶尔丹这股民族分裂势力，康熙皇帝于三十五年(1696)九月，再次前往归化城，驻跸鄂尔多斯，召大将军费扬古密策第三次军事征剿。同时诏谕策妄阿拉布坦和青海诸台吉要他们协助朝廷擒捕噶尔丹；派遣使者分赴厄鲁特务部去做劝降工作；并命令边汛将领和蒙古诸部密切注视噶尔丹的动向，随时上报。
经过两次亲征，康熙皇帝对漠北蒙古的自然环境和风土人情已很熟悉。正如他所说：“塞外荒漠，虽甚寥阔，而蒙古所引之路，所居之地，必依水草资生，是以亦有定所，朕于蒙古等经行路径一一洞悉，所以遣发官兵数道围困，皆扼贼之要害”。
