阿布德将军筹划的政变计划是在非常保密的情况下进行的，以防执政党利用教派势力进行对抗，还考虑到发动政变时必须防止流血事件，特别应保证政党领导人和政府部长们的人身安全，以免挑起伊斯兰教派势力的反击。
在得到首都喀土穆地区的武装部队和首都治安部队的一致认同下，苏丹武装部队总司令阿布德发出了接管政府的命令。1958年11月17日凌晨，喀土穆郊区兵营开出多支武装部队，满载士兵的车队向市区急驶，随后是坦克和装甲车。治安部队已在市区做好接应工作。按政变计划，政变部队必须在清晨前抓捕政府总理和全体部长，占领各要害部门和政府机构，控制整个首都。
政变部队迅速占领了电台和通讯机构。多支小分队分别进入了政界要人们的住宅，除逮捕了少数被认为是危险人物外，大多数人被软禁于家，随后切断了首都与外界的一切联系。政变部队占领政府机构和控制首都后，政变领导人即与各地区的驻军进行联系，通报政变已成功的消息，争取他们的支持。这次政变以组织完善、行动秘密和迅速而取得了成功。
政变领导人阿布德在国家电台发表讲话，宣布武装部队发动的政变已获得胜利，推翻了腐败无能的哈利勒政府，成立了军政府，以武装部队最高委员会作为全国最高权力机构。最高委员会的主席为阿布德将军，成员有艾哈迈德·阿卜杜勒·瓦哈卜少将、穆罕默德·塔拉特·法里德少将、6名上校和2名中校，共11人，包括了陆海空军种、治安部队和地区司令员。最高委员会的组成，使参与政变的“自由军官组织”感到不满，这个以尉级军官为主的少壮派军人集团认为，他们被武装部队领导和高级军官们出卖了。最高委员会宣布成立的新内阁，其中有7名军人，他们掌握了重要的部门，阿布德将军任总理兼国防部长。