规范和指导实践活动是认识活动的终极目的。与生产实践活动相比，修身养性、安顿生命的人文实践与创造社会生活的社会实践，更需要理论支撑和方案、对策设计。因此，与自然科学的学科分化不同，人文社会科学从诞生之初，就是在基础研究、应用研究和开发研究层面同时展开的。人文社会实践是催生人文社会科学的温床，是促进人文社会科学发展的动力源泉，同时也是人文社会科学理论的外化过程。沿着从理论到实践的顺序，人文社会科学体系结构形成了元科学、基础理论学科、应用基础学科、人文社会工程学科四个层次。
与自然科学体系的层次结构相比，元科学层次是人文社会科学体系所特有的。也就是说，即使是对自然科学元理论问题的研究，也已超越自然科学而转化为人文社会科学的内容。元科学运用逻辑学、语言学、数学、哲学等方法，对人文社会科学和自然科学中的各类元理论问题进行研究，是人类知识大厦的基石，保障着人文社会科学体系的逻辑完备性。它们包括科学哲学、科学学、人文社会科学学等。基础理论学科研究人文社会世界所特有的基本活动的规律，是一切人文社会科学知识的理论基础，如逻辑学、美学、法理学等。应用基础学科处于理论向实践转化的中间环节。它们以基础理论为指导，着重探讨有关应用领域中的普遍性问题，大体上相当于文科院系开设的专业基础课，如电影美学、技术经济学、宪法学等。人文社会工程学科以人文社会领域的现实问题为对象，综合运用基础理论、应用基础与科学技术诸领域的成果，直接为提升人类精神境界、改造社会的实践服务。大体上相当于文科院系开设的专业课，如摄影艺术学、股票投资学、审判学、文献检索学等。