约翰·肯尼迪出生于美国马萨诸塞州的布鲁克莱恩。他的一生都在与各种疾病做着斗争。在3岁生日的前三天，他患上了恶性猩红热。1930年秋天开始，他患上了一种无法治愈的疾病，后来确诊为爱迪生氏病。这种疾病使得他的内分泌发生紊乱，免疫力降低。
疾病锻炼了肯尼迪坚强的意志，让他对生活充满了希望，所以他有一颗比同龄孩子成熟的心。遇事不慌张并有出色的领导力与决策力，也就是这样的成熟心态才造就出他以后的辉煌。
肯尼迪3岁时进入爱德华奉献学校学习，1935年秋天，他请求插班学习普林斯顿大学的课程，但是遭到了该学校的拒绝。后来，他的父亲经过努力，安排他于11月初入学。由于疾病缠身，他只坚持到12月就中断了学习。1936年7月，肯尼迪申请进入哈佛大学学习并被顺利录取。
在哈佛大学学习期间，他两度到欧洲访问。在这两次访问的间隙，他还于1938年7月大学二年级毕业后到达伦敦，利用暑假时间在美国大使馆工作，并于假期结束后返回美国，参加哈佛大学三年级课程的学习，最后以优异的成绩毕业。